بنايي تاريخي كه به دليل سبك معماري خاص بسيار مورد توجه پژوهشگران و باستان شناسان قرار دارد.تصور عموم بر اين است كه در بقعه دوازده امام قبرهايي بايد وجود داشته باشد اما هيچ اثري از قبر و آرامگاه در اين مكان نيستو هنوز كسي نمي داند علت نامگذاري اين بنا به بقعه دوازده چيست. اين بقعه باستاني در سال 429 هجري قمري بر زمين آتشكده اي كه متعلق به دوران ساسانيان است ساخته شده. آن چيزي كه اين بقعه را از ديگر آثار تاريخي جدا مي كند برپا بودن آن پس از گذشت هزار سال كه خود بسيار جاي بحث وتفكر دارد. بقعه دوازده امام در نزديكي مدرسه ضيائيه قرار دارد كه نشان مي دهد اين دوبنا شاهد حوادث تلخ وشيرين تاريخ ايران زمين در طي دوران هاي مختلف هستند. اين اثر از نظر سبك بنا و نقش و نگار و كتيبه كوفي رنگي ، اهميت والايي در معماري اسلامي دارد. همه اين شگفتي ها در كنار هم دست به دست هم داده تا ساعت ها گردشگران به تماشاي شگفتي هاي شهر يزد بنشينند و با استفاده از امكانات و تجهيزات هتل الزهرا يزد خاطره هايي ماندگار و شبي مملو از آرامش با رزرو هتل الزهرا يزد  براي خود بسازند.